K rozvoji Černotína a Hluzova po roce 1848 prospělo zřízení fary v Černotíně. Zatím, co v Hluzově v šedesátých letech kapli měli, v Černotíně byla jen zvonice.
Rozhodnutí o stavbě kaple v Černotíně padlo v roce 1863, kdy naší předkové slavili 1000 leté výročí příchodu svatých Cyrila a Metoděje na Moravu.
Původně zde v obci stála pouze dřevěná zvonice, a to na místě sochy P. Marie u domu č. 28. Věřící z naší obce chodili na bohoslužby k hranickému Kostelíčku, kde se také pohřbívalo.
Podle plánu stavitele Aloise Jambora byla kaple postavena a v roce 1865 vysvěcena. Poté začali věřící usilovat o založení samostatné farnosti. Po zvolení starostů Josefa Schindlera v Černotíně a Josefa Dobeše v Hluzově, se stalo zřízení černotínské farnosti politickým programem. Olomoucký kardinál podepsal pro černotínský kostele mešní indult v roce 1879, prvního kněze přivítali v Černotíně v roce 1880. Prvním knězem by P. Konrád Surma, který je také pochován na černotínském hřbitově.
Do našeho kostelu chodili věřící také ze Skaličky. Přes Bečvu je přepravoval převozník. Kostel býval plný,, proto se rozhodlo o jeho rozšíření, v letech 1882-1883 byly současně přistavena kaple s oratoří a zvýšena věž.
V roce 1914 byla provedena ornamentální výzdoba kostela, kterou provedl Rudolf Kubíček z Uherského Hradiště. Na stropě byl namalován obraz Vítání svatých Cyrila a Metoděje a 8 medailonů světců – svatí Václav, Ludmila, Anežka, Jan Sarkander, Jan Nepomucký, Vojtěch, Prokop, Klement a Marie Hofbauer, autorem je vídeňský akademický malíř Gastner. Při výmalbě v 70. letech 20. století byla tato výzdoba zčásti zničena, zachovaly se pouze medailony českých světců.
V roce 1926 byla pořízena umělecky hodnotná socha P. Marie Bolestné s Ježíšem – Pieta. Dále máme v našem kostele sochy P. Marie Lurdské, sv. Barbory, sv. Antonína a sv. Terezy z Avily.
V roce 1916 byly pořízeny zvony sv. Metoděj o váze 348 kg a svatý Cyril (180 kg). Tyto zvony žehnal arcibiskup Stojan, kandidát na svatořečení.
Za druhé světové války, za působení kněze P. Štěpána Čecha, byla namalována hlavní ikona Cyrila a Metoděje nad oltářem. Autorem je akademický malíř Jan Obšil z Ostravy.