První písemná zmínka o Černotíně pochází z roku 1406, kdy je v olomouckých zemských deskách zapsáno, že Čeněk z Tučína vyplácí ze vsi Černotín věno své manželce Anně. Archeologické nálezy ale dokazují, že pohyb lidí ve zdejší oblasti a její osídlení jsou již staršího data.
Ve smlouvě o prodeji helfštýnského panství Vokovi ze Sovince z roku 1447 jsou mezi prodávanými vesnicemi uvedeny i Černotín s Hluzovem.
V roce 1475 koupil panství helfštýnské, hranické a přerovské a o rok později i drahotušské významný šlechtic Vilém z Pernštejna. V následujících letech se střídali jejich majitelé, až v roce 1621 po konfiskaci připadlo celé zbývající sloučené hranické panství i s vesnicemi do vlastnictví kardinála Františka Dietrichsteina. Pod správou tohoto šlechtického rodu Dietrichsteinů zůstalo Fideikomisní (svěřenecké) panství Hranice se statkem Drahotuše, jako součást jeho rozsáhlého dominia, až do zrušení vrchnostenské správy v roce 1848. Respektive veřejnou správu vykonávaly patrimoniální úřady až do 1. ledna 1850.
Od roku 1850 náležel Černotín k politickému okresu Hranice a spadal v něm pod soudní okres Hranice. Mezi lety 1855–1868 patřila vesnice pod Smíšený okresní úřad Hranice.
Po opětovném oddělení politické a soudní moci po roce 1868 pak až do roku 1949 příslušel Černotín do politického okresu Hranice. Po zavedení krajského zřízení v roce 1949 náležel okres Hranice k Olomouckému kraji. Na základě územní reorganizace státní správy byl k 1. červenci 1960 tento okres zrušen a přičleněn do většího okresu Přerov, nově spadajícího do Severomoravského kraje.
K 1. únoru 1975 začal fungovat sloučený Místní národní výbor se sídlem v Černotíně, který vznikl spojením s Místním národním výborem v sousední vesnici Hluzov. Hluzov se nachází severně od Černotína a obě vesnice dříve spojovaly jen kostel, hřbitov, škola, fara, pošta a železniční zastávka. Silnice mezi nimi byla vybudována až v roce 1912.
K 5. březnu 1966 došlo nejprve ke sloučení Jednotných zemědělských družstev Černotín a Hluzov. Tím byla započata postupná integrace dvou doposud samostatných obcí, která vyvrcholila v roce 1983, kdy se obě sloučily v jeden správní celek. Od té doby tvoří Hluzov místní část Černotína. Výstavba nových domů po stranách spojující silnice mezitím pokročila tak, že dnes přechází jedna obec v druhou zcela plynule. Jejich společná katastrální rozloha je 8, 31 km2.
V roce 1880 bylo v Černotíně evidováno 532 obyvatel bydlících v 75 domech, v menším Hluzově to bylo 267 lidí ve 44 domech. O sto let později byla již čísla takováto – v Černotíně 493 lidí obývalo 128 domů, v Hluzově žilo 256 obyvatel v 63 domech. Počet domů se v obou obcích postupně zvyšoval, ale přesto počet obyvatel po letech růstu zůstává ve spojených obcích dodnes na podobné úrovni – mezi 750-800.
