První písemná zmínka o obci pochází z roku 1406. Název obce je podle některých zdrojů odvozen od černě oděných benediktinů, kterým dříve náležela. Samotná oblast Moravské brány byla od dávných dob průchodištěm tažné zvěře, lovců, stěhujících se kmenů a i obchodníků. Po hřebeni nad Hluzovem vedla stezka spojují Olomoucko s Krakovskem, západní části katastru Černotína procházela Jantarová stezka.
K historickým objektům patří škola založená v roce 1782, kostel sv. Cyrila a Metoděje z roku 1863, a půlmetrový reliéf Ferdinanda V. z doby stavby severní dráhy. Technickými památkami jsou v Černotíně tři vápenky, nejstarší pochází z období před rokem 1850.